Tahun berikutnya, pada tahun 2001, Mahfud diangkat sebagai Menteri Kehakiman dan Hak Asasi Manusia oleh Presiden Megawati Soekarnoputri. Selama menjabat sebagai Menteri Kehakiman, Mahfud fokus pada reformasi peradilan dan memperkuat lembaga-lembaga penegak hukum seperti kejaksaan dan kepolisian.
Selain itu, Mahfud MD juga dikenal sebagai seorang intelektual yang kritis dan terlibat dalam berbagai diskusi dan forum-forum pemikiran. Ia juga aktif menulis dan telah menerbitkan beberapa buku, termasuk “Negara Hukum dan Hak Asasi Manusia” dan “Menuju Indonesia yang Berkeadilan”.
Setelah pensiun dari jabatan publik, Mahfud MD masih aktif dalam kegiatan akademik dan organisasi-organisasi masyarakat sipil. Ia juga sering memberikan pandangan dan saran mengenai isu-isu politik dan hukum di Indonesia melalui media sosial dan wawancara dengan media.
Dalam perjalanan hidupnya, Mahfud MD telah menerima banyak penghargaan, baik di tingkat nasional maupun internasional, atas kontribusinya dalam bidang hukum dan politik. Namanya juga diabadikan sebagai nama gedung di Fakultas Hukum Universitas Islam Indonesia, tempat ia pernah belajar dan mengajar.
